– Жилой дом для обслуживающего персонала Ленлечкомиссии в Сочи (1935).
– Надстройка и реконструкция жилого дома на Верхневолжской набережной Горького (1937).

Проекты реставрации:
– Успенская церковь на Ильинской горе, восстановленная по проекту С. Л. Агафонова.
– Михайло-Архангельский собор Нижегородского кремля (1960–1962).
– Никольская церковь в Балахне (1962–1965).
– Успенская церковь на Ильинской горе в Нижнем Новгороде (1965-1966).

– Участвовал в разработке нового генерального плана Нижнего Новгорода.
– Разработал план реставрации Нижегородского кремля и руководил его осуществлением.
– Руководил или координировал реставрацию целого ряда архитектурных памятников Нижнего Новгорода и области, выступал консультантом при восстановлении крепостей в Старой Ладоге, Орешке, Пскове, Смоленске.
– Планировка посёлка железнодорожной станции Горький-Сортировочный (1939).

–

Премии:
– Государственная премия РСФСР.

– Профессор.
– «Заслуженный архитектор Российской Федерации».
– Почётный гражданин Нижнего Новгорода.

–

– место и даты службы:
Работал в службе маскировки в Горьком.

– звание:
–

– награды:
–

–

– В 1926 году, ещё учась в школе, направил на конкурс свой проект Мавзолея Ленина, который вошёл в число двадцати лучших.
– В 1938 году выступил в прессе против сноса части Нижегородского кремля, предполагавшегося по генеральному плану.
– Кандидатскую диссертацию защитил в 1971 году по Нижегородскому кремлю.

Основные научные труды:
– Агафонов С. Л. Горький–Нижний Новгород. – М.: Изд-во Акад. архитектуры СССР, 1947. – 48 с. – (Сокровища русского зодчества).
– Агафонов С. Л. Город Горький / Под общ. ред. В. Веснина, Д. Аркина и И. Леонидова. – М.: Изд-во Акад. архитектуры СССР, 1949. – 40 с. – (Архитектура городов СССР).
– Агафонов, С. Л. Деревянное зодчество. Архитектура провинциальных городов // История русской архитектуры. – М., 1951, 1956 (2-е изд.).
– Агафонов, С. Л. Памятники архитектуры г. Горького. – Горький: Горьковское кн. изд-во, 1958.
– Агафонов, С. Л., Алексеева А. Н., Беллюстина Л. Н. и др. Город Горький. – Горький: Волго-Вятское кн. изд-во, 1964.
– Агафонов С. Л. Горький. Балахна. Макарьев: Художественные памятники XIII-начала XX века старинных волжских городов / Оформл. Ф. Б. Збарского. – М.: Искусство, 1969. – 224 с. – (Архитектурно-художественные памятники городов СССР).
– Агафонов С. Л. Горький. Балахна. Макарьев: Художественные памятники старинных волжских городов XIII-XX веков. – 2-е изд., испр. и доп. – М.: Искусство, 1987. – 328 с. – (Архитектурно-художественные памятники городов СССР).
– Агафонов, С. Л. Каменная летопись города. – Горький: Волго-Вятское кн. изд-во, 1971.
– Агафонов, С. Л., Елисеев А. И., Зверева Т. Знакомьтесь, город Горький! – Горький: Волго-Вятское кн. изд-во, 1971.
– Агафонов С. Л. Нижегородский кремль: Архитектура, история, реставрация / Худож. В. З. Вешапури. – Горький: Волго-Вят. кн. изд-во, 1976.
– Агафонов, С. Л. История архитектуры: Древний Восток, Египет, Греция. – Н. Новгород: Изд-во ННГУ, 1992.
– Агафонов, С. Л. История архитектуры: Древний Рим. Христианство. Византия, Армения, страны ислама. – Н. Новгород: Изд-во ННГУ, 1995.
– Агафонов С. Л. Нижегородский кремль. – Нижний Новгород: Кварц, 2008.

– Бубнов Ю. Н., Орельская О. В. Архитектура города Горького. 1917–1985. – Горький: Волго-вятское кн. изд-во, 1986.
– Орельская О. В. Святослав Агафонов: Возродивший кремль. – Н. Новгород: Студия «Промграфика», 2001.
– Открытые источники.